Для начала надо установит причину возникновения. Лучше всего обратиться к ветеринару.
Или хотя бы выложите фото с подробным описанием.
Из собственного опыта:
У моего коня каждое лето одна и та же проблема: воспаление сальных желез (основная причина подпаривание и забивание). На спине появляются маленькие твердые шишечки в местах контакта подушек седла и спины. Особо не болят, но дискомфорт есть. Мои меры: постоянно чистые вальтрапы, лошадь перед работой должна быть идеально вычищенной (особенно спина), ежедневно мыла спину хозяйственным мылом (конь предварительно должен быть отработан и после купания лучше не седлать т.к не будет смысла) после высыхания я втирала ватным тампоном противовоспалительный настой. (набор противовоспалительных трав: ромашка, календула, подорожник, шалфей, корень давясила, лопух и др. (достаточно первых 3-х) настоянный на водке в течении 2 недель)