Судя из ваших слов, больше похоже что коню не хватает моциона. Ватники согревают и дают приток крови и шагание, хоть и по воде, разгоняет кровь, по вашим словам после работы отеки проходят. Попробуйте для начала дать ему больше моциона.
Не 3-4 часов, а весь световой день, сейчас он недлинный. И посмотреть на результат, думаю это ему не повредит.
Все лошади разные и времени двигаться все нужно по-разному. Возможно, для вашего нужно больше, тем более что молодой.