вент. шахты должны идти строго вертикально? В смысле, можно их вывести наружу не через крышу, а через фронтоны?
В гаражах система вентиляции - две трубы, одна заходит в районе пола, другая выходит под потолком. Чем плох такой способ?
Лошади - не машина и даже не человек. Каждая с дыханием выделяет, если не ошибаюсь, 2 л жидкости (если не 6) за сутки, плюс влага от мочи, от воды. Множьте на 4. Двух тонких трубочек для вентиляции вам (точнее, лошадям!!!) не хватит.
В жару даже при открытых дверях конюшни при том, что межденниковые перегородки - кирпич (да если еще потолок сделаете) - кони будут просто подыхать от перегрева. Он им гораздо страшнее, чем холод (это-то они как раз отлично переносят).
Если с окнами весь вопрос в экономии, то вставьте пока самодельные деревянные рамы, а в них - толстую пленку или поликарбонат. Лишь бы рамы можно было приоткрыть/вынуть. Появятся деньги - поставите стеклопакеты. При отсутствующей вентиляции вся ваша экономия на окнах выльется в десятки раз большие расходы на лекарства, чтобы легкие, глаза и сердце лечить...