По вашему описанию можно предположить(!), что:
а) есть альфа-кобыла, которая выросла в табуне и знает и четко соблюдает правила табуна
б) есть подчиненная кобыла, которая, возможно(!), не научена правилам поведения в табуне. Если она никогда небыла в табуне, если она всю жизнь простояла в деннике, если она воспитывалась людьми и общалась только с людьми - она не знает правил табуна.
в) альфа-кобыла, следуя инстинктам, пытается воспитывать субдоминантную кобылу, учит ее правилам табуна. И эта учеба всегда жесткая, но справедливая. Жеребенок лучще и быстрее учится, чем взрослая лошадь. По этому доходит до травм.
Вот в общем как-то так.
Приведу более конкретный пример. Молодая кобыла приближаетсяч к альфе на недопустимое расстояние. Входит в зону нетерпимости. Алфа сначала предупреждает другую например взмахом хвоста или крысой. Если та не понимает - разворачивается задом к подчиненной, может приподнять ногу, угрожая. Это все предупреждение. Мол, "Любезнейшая, вы приблизились слишком близко. Извольте отойти"
Подчиненная кобыла, не зная правил и не понямая этих сигналов, а может быть просто игнорируюя их (она ведь тоже может себя считать достаточно доминантной), не отходит. Альфа, обязательно ударит дабы урок не прошел даром.
Из этого следует, что драки перестанут только тогда, когда установиться иерархия в табуне (а они двое это уже табун), когда подчиненная научиться уважать личное пространство доминантной кобылы и будет следить за сигналами альфы, и выполнять ее указания.