Это может быть реакция на укусы насекомых, аллергия (крапивница), личинки оводов, дерматит, гранулема, онкология.
Лучше обратиться к ветеринару, так как крапивница, например, может дать отек дыхательных путей, что приведет к смерти за считанные минуты. Онкология - сами понимаете.. Остальные диагнозы не на столько ужасны, но лучше не отказываться от вызова специалиста.
А для интернет-консультации (которая не может нести в себе гарантию точного объективного диагноза) дайте больше информации (возраст лошади, масть, когда и в каком месте появились первые шишечки, была ли смена корма или использование каких-то новых веществ - шампунь, спрей, лекарственные препараты...) - все, что можете вспомнить. + фото и описание шишечек - твердые/мягкие, температура, консистенция, двигаются ли с кожей, размер, выпадает ли шерсть вокруг, чешутся...