Вы писали, что подозреваете, что проблемы с мышцами возникли из-за некорректной работы. Можно подробнее: как часто, насколько интенсивно и длительно работается лошадь, какие особенности работы Вы называете некорректными? Были ли изменения в нагрузке за последнее время?
Т.к. в этой области у лошади действительно кроме мышц ничего, дающего отеки нет (ни желез, ни лимфатических узлов), а припухлости симметричные, то скорее всего действительно связано с работой. Если бы был миозит, то лошадь бы жаловалась, движения в шее вызывали бы боль, явно ощущалась бы скованность при движении и болезненность при прощупывании.