Сталкивалась с точно такой же проблемой (хотя у нас не только мерин, но еще и кобыла не могла расстаться..короче,взаимная "любовь").
Решили все просто: чаще выводили их по отдельности (гуляли, выпасали, выезжали верхом и т.д.). Какое-то время даже не выгуливали их вместе (хотя, как по мне,это жестко, так как у них прочная дружеская связь все же..)
В общем, не стоит терпеть и подстраиваться под обстоятельства, проблему можно решить. В конце концов- сдруживать этих коней( или только мерина) с другими животными. Общество (табун, группа..) очень важно для лошадей, оно дает ей в первую очередь защиту. Но есть еще тесная связь конкретных особей.
Чаще мерина выводите самого, или в компании других лошадей. Он станет более уверенным, смелым, что даст ему возможность спокойней переносить разлуку с любимой кобылой.
Успехов, все получиться)