То что мерина кроют - не есть проблема в поведении. Кроющие мерина как тот работник "могу копать, могу не копать". На остальном поведении мерина это никак не сказывается. У нас в табуне нектотрые мерина кроют кобыл регулярно, но в работе на них "забивают", даже если те в охоте под нос лезут. Причем в такой ситуации мерина ранней кастрации ведут себя спокойнее тех, что были кастрированы в более позднем возрасте. Ждать же до 3 лет смысла не вижу, не имеющих ценности жеребцов кастрируют и в 6 месяцев. Главное, чтобы в период кастрации не было мух и не было слишком холодно. Так что лучше планируйте это на весну, тогда лето пройдет продуктивнее для лошади, тем более молодой и готовящейся в заездку.
Кстати, о прыжковых качествах: моя кобыла полусестра Вашего жеребца, никогда никакого желания прыгать не изъявляла. Если была возможность увильнуть от прыжков, она это делала. Не знаю, от отца ли это, или от матери, но троеборной лошадью она не стала именно из-за этого, сейчас получаем пробежную квалификацию.