Есть летальный ген пегости. Насколько помню, рецессивный, т.е. в одиночном виде не проявляется. Но если оба родителя являлись носителем этого гена, и жеребенку выпало оба гена, то плод погибает, происходит либо аборт в третьем триместре, либо рождается в сроки и погибает. Т.е. у не пегих родителей, часто чистопородных, рождается мертвый пегий жеребенок. Мне довелось увидеть сие явление. В Чутовском конезаводе лет так 9 назад родился мертвый пегий жеребенок у чистопородных тракенов.
И вообще, любая пегость, как и отметины - это признак одомашнивания (близкородственного скрещивания), так как в дикой природе пегим и отметистым труднее выжить. Они заметнее для хищников, более восприимчивы к солнечной радиации, и вообще лишенные пигмента участки кожи хуже справляются со своими функциями, как и производные кожи (копыта, например). А вместе с пегими генами при близкородственном скрещивании родители передают жеребенку другие "вредные для дикой жизни" гены.
Чтобы не обвинили меня в предвзятости, скажу, что тоже являюсь счастливым обладателем узорной пегой кобылки, при чем очень умной, темпераментной и талантливой)