Кто вам сказал, что результат селекции известен? 
Что значит - "не нарушают генную структуру" и "на уровне генов"?
С чего вы взяли, что помидор и рыба - 2 абсолютно разных предмета?
Когда впервые создавали, то результат селекции таки да был загадкой, но потом проводя не однократно такие работы, результаты выходили одинаковыми. Что касается ГМО, то ученные даже сейчас не уверены что получится после каждого их опыта. Как приживутся, к примеру гены тойже рыбы в помидоре и в каком количестве. Ведь обстрел производится не одним же геном, что увеличивает шанс вы их выживаемости.
Селекция (скрещивание) не проводится на генном уровне. Во время скрещивания с женского растения удаляют лепестки и тычинки (мужские части), оставшееся закрывают бумажным колпаком, пленкой или очень мелкоячеистой сеткой - все это необходимо, чтобы не допустить самоопыления. Когда пестик (женский орган) станет липким, при помощи кисточки на него наносят пыльцу с мужского растения. Затем цветок снова закрывают колпаком и ждут созревания семян. Созревшие семена собирают и высевают.
Обычно скрещивание проводят в рамках растений одного рода, однако иногда скрещивают и растения разных родов. А помидор и рыба это мягко сказать не один род, даже не один вид.
